「MR.BRAIN」2回目を見ました。
都内で津村という刑事の両腕と片脚が切り取られた惨殺体が発見されます。現場にはある前科者の指紋がぺたぺたと残っており、普通ならこれで「事件解決！」となりますが違いました。なぜならその指紋は3年前に4人を殺した連続殺人事件で逮捕され、1年前に死刑が執行された殺人鬼・竹神貞次郎（GACKT）のものだったから。
津村の事件の直後、高田という鑑識官も腕と脚を切り取られた状態で殺されます。
手口は竹神と同じ、しかも現場に指紋も残されている。ってことは竹神の幽霊の犯行？ 九十九（木村拓哉）はがぜん興味を示します。
調査資料を紐解いてみると、竹神の事件は3人目までと最後の1人とで状況が違っていました。一番の違いは最後の1人、後藤さんの殺害現場にだけ、指紋が残っていて、それまでの3件は指紋が一切残されていなかったこと。
後藤さんには宮瀬久美子(小雪)という婚約者がいました。竹神は精神鑑定を受け、責任能力の有無が議論されたのですが、久美子の「絶対に許さない！」という訴えで判決が死刑に傾いたという経緯もあるほど、竹神を憎んでいるはず。もし竹神が生き返った（！）としたら久美子が危ない！ってことで、当時から久美子の世話を焼いている（好意を寄せていいる）丹原（香川照之）が林田（水嶋ヒロ）と警護を申し出にいきますが、すでに岸川（松重豊）という当時の担当刑事がすでに警護についていました。丹原はがっかり。
事件を調べ始め、4人目の被害者の死体遺棄現場まで足を運んだ九十九は「やっぱおかしい」と、助手の和音（綾瀬はるか）にある指示を出します。それは科警研の研究員たちに3年前の事件を洗いなおしてもらおうというもの。「一線の科学者に私がそんな指示を出せるわけがありません！」と和音は音をあげますが、九十九は「それ以外、あなたにできることはありますか？」と、結構スパルタです。
和音は意を決して研究員の先輩たちを集め、「3年前の事件を調べなおしてください！」と頭を下げます。案の定先輩方は「幽霊なんて、捜査ミスかなんかじゃないの？」ととりあってくれません。が、「それが科学者の回答ですか！」という和音の心からの訴えに部長の佐々（大地真央）を筆頭に研究者たちが動き始めます。
そして再調査の結果...4人目の後藤さんの事件の真犯人がわかりました。犯人は殺された津村と高田、そして岸川でした。竹神の事件の捜査中、後藤さんに職質をかけ（後藤さんは久美子との約束に遅刻して急いでいたのです）アクシデントで死なせてしまった3人は、取調べ中に死の匂いを嗅ぎつけた竹神から「僕が罪を背負ってあげる」と申し出を受け、竹神の指紋のデータを津村のものと置き換えるなど、偽装工作をしたのです。
真犯人の生き残り、岸川が久美子に接近しているのを知っていた丹原は「これは危険！」と久美子の家に。すると、久美子は無事でしたが、岸川が裏山で殺されていました。これで後藤さんを殺した犯人がすべて死にました。
で、警官殺しの犯人は？ それは3人に恨みを持っている人物...そう、久美子でした。実は久美子は生前の竹神から手紙をもらっていました。真犯人は警官3人であること、指紋データが改ざんされていることなど。そして、竹神の幽霊の犯行に見せかけて3人に復讐する方法も。
竹神は死刑執行を前にしても「僕は甦るよ」と死をまったく恐れていませんでした。それは久美子を使って自分が犯罪者として復活できることを知っていたからなのでした。竹神に操られたとはいえ、3人を殺めた久美子の罪は重いものです。
