市民病院再生プロジェクトに役所の職員としてではなく「医師として」関わる決意をした航平（竹野内豊）。勤務初日から遠藤（緒川たまき）は航平にハードルを突きつける。「外科だけでなく透析センター担当を兼任してもらう」。透析センターの新設はもちろん遠藤の考えた再生＝金儲けの一端だ。患者一人ゲットするごとに病院への助成金が５百万！ 設備投資などを差し引いても一人の患者が４百万に変身する計算なのだ。
正義感のかたまり・愛子（菅野美穂） は、「透析を受けられる病院は他にもある。市民病院には閉鎖が相次ぐ小児科や婦人科を作ったほうがいいんじゃ？」と抵抗するが「資金が集まれば優秀な医師を呼ぶこともできる」という遠藤は至極まっとう。
透析センターがオープンしたある日、村上（ベンガル）というペンキ屋のおやじさんがやってくる。航平は商店街で村上と遭遇したことがあるのだが（ペンキぬりたてのベンチに座ってこっぴどく怒られた）、このとき村上が貧血で倒れ「いつものこと」と言っていたのが気になってたのだ。
検査をしてみると村上のおやじの体はボロボロだった。このまま透析を続けても意味はないかもしれない、腎移植か...航平は思案の末、村上に移植を勧める。前に商店街で会ったときに、偶然息子がいたのを思い出し、「肉親からの移植なら安心」と提案してみるが「いやだね」とおやじは聞き入れない。
実は息子・真一（塩谷瞬）は父親を憎んでいた。「今は亡き病弱な母と自分を捨てておいて、都合のいい時だけオヤジ面...」と、航平が村上と遭遇したときも、父からの「就職祝」を突き返しに来ていたのだ。
事情を知ったおせっかい愛子が真一の会社（たぶん東京）まで会いに行き、「お父さんを助けたくないの？」と迫っても「助けたくないですね」と真一の決意は固い。
一方航平は遠藤に「透析が続けられない病状なら、別の病院に移ってもらいなさい」と指示される。いつも通り「はい」と従順な返事をしつつ、「転院先が決まるまでは僕が看ます」と航平はちょっと食い下がってみたり。
そんななか、村上が病院に（というか愛子）に殴り込んでくる。「勝手に息子のところに行ったってのはオマエか！」 お怒りごもっとも。しかし血圧が上がったからか、おやじはその場で倒れてしまう。とりあえずの透析で症状は落ち着くが、早く手を打たないとおやじの命が...
その夜、真一が病院に現れる。なんだかんだ言って父親が心配なのだねえ。愛子が見つけて移植を迫るが受け入れられない。と、そこに航平も登場し真一の腕をむんずと掴んで強引に診察室へ。そこで航平が見せたのは村上の腹部レントゲン。腎臓が一つしかないのだ。
実は村上のおやじは自分の腎臓を捧げて妻を守ったのだった。その後、一つだけ残った腎臓が悪くなったとき、「私のせい」と妻が自らを責めはじめ、そんな妻のことを思いやって夫は愛する家族のもとを離れたのだ。......そんな真実が隠されていたと知って呆然とする真一。しかしそのとき、村上急変の知らせが入る。
バタバタと緊急手術の準備に走る航平を真一が背後から呼び止めた。「先生！オヤジを助けてくださいっ」「必ず助けます」と航平。動脈からの出血が酷く危険な状態だったが、航平の迷いないメスさばき（実は夜な夜な病院で自主トレを重ねた成果）で手術は成功する。
村上は息子と和解し、移植を得意とする病院に転院していった。息子に支えられて歩く村上の後ろ姿を見つめながら愛子は羨ましそうだ。「ケンカしても、親が生きているだけいいじゃない！」と真一に言っていたが、愛子はすでに父も母も亡くしているのだ。
......そう、医師としてのリスタートを切り、厳しいながらも希望に向かって進みだした航平だが、でっかい暗雲が待っていた。恒例の屋上シーンで、遠藤に８年前の医療ミスで患者を死なせたことを問いただされた航平は「８年前のことを忘れようとしてきたが間違いだった。これからは医師として自分のやったことに向き合っていく」と答えるのだが、「いい覚悟ね。でもそれを遺族の前でも言えるの？」と遠藤が差し出したのは８年前の医療事故の報告書で、そこには亡くなった患者の家族の名前が。「田中愛子」！ まさかそんなことがっ！
