ドクターヘリが患者を乗せて翔北（翔陽大学附属北部病院救命救急センター）に向かう。パイロットは梶（寺島進）、フライトドクターは黒田（柳葉）。フェローシップ（専門研修制度）で今日配属されたばかりの若手4人がヘリの到着を待つ。１分１秒の対応の遅れが救命率や後遺症の重さに影響する救命救急現場では、新入りとてボヤボヤしていられないのだ。
フェローたちは、さまざまな症状を抱えた患者がベッドを並べる病棟を、先輩医師・森本（勝村政信）のガイドでひととおり見てまわる。ICU、HCU、一般病棟に収容している50人も！の病状を正確に把握しておくことがスタートなのだ。
ドクターヘリ到着。時間が勝負。皆走る。走りながら患者の様子を見る。対応を考える。指示を出す。一瞬の気のゆるみも許されない。
患者は団地の3階から落ちたおばあちゃん・滝川さん。処置室で新入りの緋山（戸田恵梨香）と藤川（浅利陽介）が積極的に、しかしバタバタワタワタと処置を請け負う。白石（新垣結衣）は症例から損傷の箇所、影響を的確に読み取る知識を持っているようでいい働き。ひとり藍沢（山下智久）だけはあわてずじっと状況を見ている。
しかし藍沢は機を見るや、先輩・黒田の手元に割って入り黙ってメスで喉元を切開・気道を確保する。迷いのない動きと見事な手さばきに、先輩たちも目を見張る。
限られた時間で最善の処置をする。ミスは許されない。その重圧に耐えられる精神と技術、知識を備えた者だけがこの現場で生き残れる。フェローのなかでも判断力と技術を備えた自信家の藍沢と、有名医大の教授を父に持つお勉強派の白石はお互い、牽制しあう。
センター長室。「フェローはどう？なるべくヘリに乗せてやれ」と田所センター部長（児玉清）が黒田に声をかける。「私たちにはフライトドクターを育てる使命もあるんだよ」と。田所は知っている。黒田は後輩といえどもライバル、というスタンスを崩さず、若手をなかなかヘリに乗せたがらないのだ。
田所の指摘を受けたからか、黒田がフェローたちに告げる。「午後、ヘリに１人乗せる。乗りたい奴は？」皆が挙手するなか藍沢は動かない。なぜ？ そして初日の今日は白石が飛ぶことになる。緊張する白石。
緋山は黒田から滝川老人の身内への連絡係を命じられてぶんむくれていた。「私だってオペに立ち会いたい...」。しかも親族となかなか連絡がとれないのだ。ようやくつかまった次男は「長男に任せてある」と。薄情なもんだ。老人に同情心が湧いてくる。
ついにドクターヘリ出動。バイクの単独事故。若い男性。白車（救急車）からの情報は乏しく「詳細不明」。ランデブーポイント（救急車との合流地点）まで６分。焦る白石。現場に到着したが予期せぬ症状に頭が真っ白になる。
その頃、藤川は小児糖尿病で入院中の栗山美樹ちゃんの傍らにいた。「生きててもいいことない」と表情を曇らせている少女は、実は右手の切断を控えているのだ。担当医によると美樹ちゃんも状況を「理解している」と。少女の夢はトリマーなのに...。
ヘリが患者を乗せて到着する。症状は安定。白石やったな！ ところが...白石はなんだか呆然としている。どうしたの？
応急処置後、黒田は藍沢に問う。「なぜ手を挙げなかった」。藍沢は答えた「お情けで乗るのでなく、実力で乗る」。藍沢の自信に苦笑いしながら黒田は言葉を続ける。「ちなみに白石は何もできなかった。普通のレベルはあの程度だ」と挑戦的。そして「明日はおまえが乗れ」とヘリ担当のトランシーバーを藍沢に渡す。
緋山は、目覚めてもつきそってくれる親族のない滝川老人のことを、藤川は右腕切断を受け入れて手術を待つ美樹ちゃんのことを、白石は力を発揮できなかった今日のフライトのことを...それぞれがそれぞれの課題を抱えて今日を終える。
翌日。落ち込む白石はパイロットの梶に声をかけられやる気を取り戻す。緋山はオペの見学を辞して滝川老人の連絡係に徹することにする。藤川は美樹ちゃんの手術に立ち会う。「最後まで逃げないのがフライトドクター。俺は絶対夢をつかむ！」と美樹ちゃんにも「諦めるな」のメッセージを送ると、切断される右手で美樹は藤川に最後の握手を求めるのだった。
そしてついに山ぴー出動。19歳男性。工場で作業中、機械に右腕を巻き込まれた。現場に向かうと腕は無惨な状態だ。しかもショック状態が強くこのままでは心臓が止まると診断した藍沢は、現場での腕の切断をあっさり宣言。太い男だぞ！
さて緋山の努力が実り、滝川老人の親戚が現れる。遠縁だが世話になったという女性が「目が覚めたときにそばにいられた」と礼を言う。よかったよかった。
19歳の青年の手術が終わる。白石が藍沢に声をかける。「腕を切断したとき、何か感じた？」 つまり、若くして片腕をなくすことになる青年の思いをどう感じたか？という問いだったのだが、藍沢は「外のオペは暑い」と。そして「でも面白かった～」と。メラメラと希望に燃えたまなざしで、藍沢は「たくさんの症例をこなす。誰よりも早く名医になる！」と宣言するのだ。そりゃ医者だったら名医を目指すのはよいことだが、もしかしてこの男、冷血!?
そして、黒田は田所に報告していた。「ひとりものになりそうな奴が...」 みなさんは誰だと思います？
ちなみに「コード・ブルー」とは、救急救命医療の現場で患者の容態急変を示す隠語だそうです。
